ご本尊は久遠実成無作の本仏である釈迦如来ですが、阿弥陀如来を祀ることも多いようです。
それぞれの信仰によって、薬師如来、観世音菩薩、不動明王、毘沙門天などを祀ることも あります（一般的には菩提寺のご本尊にならいます）。 そして、左右には、向かって右側に高祖天台大師を、左側に伝教大師最澄のご影像を掲げ ます。

真言宗は分派が多く、また地域による違いもあって、飾りかたは様々ですので一例をあげます。
高野山真言宗では中央にご本尊である大日如来を、向かって右側に弘法大師、左に不動明 王を祀ります。 豊山派・智山派では左に興教大師かくばん覚鑁、あるいはその代わりに不動明王か、観世音菩薩や地蔵菩薩などを祀ることが多いようです。

中央にご本尊の阿弥陀如来を、向かって右に観世音菩薩、左に勢至菩薩を祀ります。
さらに観音菩薩の隣に、唐の善導大師を、勢至菩薩の隣には宗祖円光大師法然を祀ります。 お仏壇の大きさなどによっては、観音・勢至の両菩薩は省略されます。また、仏壇か厨子の前に戸張を垂らすこともあります。

中央には阿弥陀如来の像を祀ることが多いようですが、最近では木像を祀ることもあるようです。
そして向かって右に「帰命尽十方無碍光如来（きみょうじんじっぽうむげこうにょらい）」の十字名号を、左に「南無不可思議光如来」 の九字名号を飾ります。また、右に親鸞聖人、左に蓮如上人の絵像を掛けることもありま す。
原則として位牌は置きません。

阿弥陀如来をご本尊として中央に祀ることが多いようです。
脇掛けは向かって右に「帰命尽十方無碍光如来」の十字名号、左に「南無不可思議光如来」の九字名号を飾ります。
あるいは右に親鸞聖人、左に蓮如上人のご影像を掛けることもあります。脇掛けが十字名号・九字名号の場合、その前に仏飯器は供えません。やはり原則として位 牌は置きません。
東西で仏具に若干の違いがあります。

臨済宗には多くの分派があり、飾りかたに相違があるので詳しくは菩提寺のご住職に相談 してください。
仏壇の中央にはご本尊として釈迦牟尼仏を祀ることが多いようですが、両脇は各派で違いがあります。
例えば妙心寺派の場合は向かって右に開山の無相大師の絵像を、左には花園法皇の絵像を飾ることが多いようです。

中央にご本尊の釈迦牟尼仏をまつり、向かって右に高祖承陽大師道元禅師を、左に太祖常済大師瑩山禅師を配して、「一仏両祖」の三尊仏形式としてまつります（一仏両祖を一本とした、三尊仏の掛け軸もあります）。
また、右に達磨大師を、左に道元禅師と瑩山禅師を祀る場合もあるようです。

中央には大曼荼羅（十界曼荼羅）か、釈迦牟尼仏、あるいは三宝尊のいずれかをご本尊として祀ります（三宝尊とは向かって右に多宝如来、中央に「南無妙法蓮華経」のお題目、左に釈迦牟尼仏を配したものです）。
その右に鬼子母神、左に大黒天をまつります（法華宗では逆）。
そしてそれらの前中央に日蓮聖人を祀ります。